Scuola Normale Superiore был основан в 1810 году по указу Наполеона, как институт-близнец École Normale Supérieure в Париже, сам по себе относящийся к юрисдикции Французской революции. Термин «École Normale» («Scuola Normale») был придуман Джозефом Лаканалом, который, представляя доклад Национальному собранию 1794 года от имени Комитета общественного просвещения, объяснял его следующим образом: «Normales: du latin norma, Règle. Ces écoles doivent étre en effet le type et la régle de toutes les autres ».

Наполеон Я переосмыслил проект Школы Нормале в 1808 году, основав в Париже общежитие «Нормале», где будут размещаться молодые студенты и обучать их искусству преподавания гуманитарных и естественных наук. Проект был воспроизведен в Тоскане указом от 18 октября 1810 года, когда в Пизе, где расположена Академия Императорского университета, был создан филиал Парижского высшего учебного заведения под названием Scuola Normale Superiore.

Когда в 1814 году Великий герцог Тосканы Фердинанд III вернулся в Тоскану, проект Scuola Normale в Пизе прекратился. Только в начале 1840-х годов, в связи с университетской реформой 1839-1841 годов, проект был возобновлен. Вопрос был объединен с предложениями о возобновлении просветительской деятельности древнего ордена Святого Стефана, основные помещения которого находились в пределах Палаццо делла Карована в Пизе. 28 ноября 1846 года великий князь motu proprio основал в Пизе тосканскую Нормальскую Скуолу (также называемую Императорская королевская Нормальская Скуола, поскольку она была связана с австрийской системой), с теоретическими и практическими целями под патронажем орден Святого Стефана, но в зависимости от Пизанского университета.
17 октября 1862 года министр образования Королевства Италии Карло Маттеуччи ввел в действие новые постановления, которые превратили это учреждение в знаменитую "Обычную школу Королевства Италии". Там должно было быть органическое разделение на два факультета, искусств и наук.

В 1863 году был назначен новый директор Скуола Нормале, уважаемый Паскуале Виллари. Виллари покинул Скуолу в 1865 году, и его место занял математик Энрико Бетти; с 1890 по 1900 год должность директора занимала историк литературы Алессандро д'Анкона, а с 1900 по 1918 год - математик Улисс Дини. Новые правила, изданные министром Микеле Коппино в 1877 году, пересмотрели и упростили правила внутреннего обучения и выровняли с организационной точки зрения.

Философ Джованни Джентиле, был назначен во главе Скуола Нормале в качестве комиссара в 1928 году и в качестве директора в 1932 году. Он затратил помещения Скуола Нормале, Палаццо деи Кавальери, а также обнародовал новый статут в 1932, который признал Scuola Normale в качестве института высшего образования с «правовым статусом и административной, образовательной и дисциплинарной автономией», обеспечив автономию от Пизанского университета. Кроме того, он реформировал Scuola, предоставил ему формальную автономию и добился расширения других дисциплин, создав Collegio Mussolini per le Scienze Corporative (1931) и Collegio Nazionale Medico (1932). Позднее новые колледжи были объединены в Collegio Medico-Giuridico, которая продолжала действовать (в области права и медицины) под юрисдикцией Scuola Normale Superiore di Pisa.

В послевоенный период было много практических трудностей; однако, кроме восстановления Палаццо деи Кавальери. Скуола Нормале в 1951 году основал школу-интернат Антонио Пачинотти, предназначенную для студентов факультетов сельского хозяйства, экономики и инженерии, и планирует открыть и другие факультеты. В 1967 году Scuola Superiore di Studi Universitari e Perfezionamento объединили Scuola per le Scienze Applicate A. Pacinotti (основанный в 1951 году) и Collegio Medico-Giuridico, образуя Школу перспективных исследований в Сант-Анне. Новое учреждение, хотя и по-прежнему приверженное модели, установленной Scuola Normale Superiore di Pisa, находилось под управлением Пизанского университета. В 1987 году школа продвинутых исследований Sant'Anna получила полную независимость (Закон от 14 февраля 1987 года, № 41) и поддерживает тесные связи как с Scuola Normale Superiore di Pisa, так и с Пизанским университетом, создавая систему университета Пизы.

Со временем Scuola Normale все больше открывается обществу, и, оставаясь элитным институтом, предлагает свою культурную деятельность и наследие все более широкой аудитории.